Fakulta prírodných vied (FPV) sa stala významnou súčasťou novozaloženej Univerzity sv. Cyrila a Metoda hneď po jej konštituovaní 1. augusta 1997. Hlavným cieľom FPV sa stala výchovno-vzdelávacia činnosť zameraná na prípravu kvalifikovaných odborníkov v nasledujúcich moderných a interdisciplinárnych oblastiach:

• Aplikovaná biológia a Molekulárna biológia
• Aplikovaná informatika
• Chémia a Aplikovaná chémia
• Biotechnológie
• Ochrana a obnova životného prostredia a Inžnierstvo životného prostredia